中心具备资质：

检验检测机构资质认定（CMA）

农业农村部农产品质量安全检测机构（CATL）资质

根据农业部农质发〔2014〕 6号文件《关于下达农业部转基因生物产品成分监督检验测试中心（上海）等两个部级质检中心筹建计划的通知》在原有检测中心基础上筹建 “农业部农产品及加工品监督检验测试中心（南京）”，并于2014年4月通过农业部农产品质量安全检测机构考核、审查认可、实验室资质认定、食品检验实验室资质认定首次现场评审（“2+2” 认证评审）。

2015年5月通过了农业部农产品质量安全检测机构考核、审查认可、实验室资质认定对转基因成分检测和环境安全评价扩项评审。

2016年4月通过了农业部农产品质量安全检测机构考核、审查认可、检验检测机构资质认定对饲料及饲料添加剂、部分兽药残留、农药残留的扩项评审。

2017年5月通过了农业部农产品质量安全检测机构考核、审查认可、检验检测机构资质认定对中心资质的复评审。

2018年4月被列为农业农村部饲料和饲料添加剂检测任务承检机构之一。

2018年9月及2019年9月分别通过部分产品和参数的农产品质量安全检测机构考核、审查认可、检验检测机构资质认定的现场评审工作。

2020年12月通过了农产品质量安全检测机构考核、审查认可、检验检测机构资质认定对中心资质的复评审及南京国家农创园分场所的现场评审。

2021年10月及2022年2月通过了主场所及分场所部分产品和参数的农产品质量安全检测机构考核、审查认可和检验检测机构资质认定。